В городе начались погромы, которые продолжались двое суток. Согласно официальным данным, в Сумгаите погибло 26 армян, сотни пострадали. Остановить безумие удалось лишь после ввода войск. Но и здесь все оказалось не так просто — поначалу военным был дан приказ исключить применение оружия. Лишь после того как счет раненых солдат и офицеров перевалил за сотню, терпение лопнуло. К погибшим армянам добавились шесть застреленных азербайджанцев, после чего беспорядки прекратились. После Сумгаита начался исход азербайджанцев из Армении и армян из Азербайджана. Напуганные люди, бросая все нажитое, бежали от соседей, в одночасье ставших врагами.

В июне 1988 Верховный Совет Армении дал согласие на вхождение НКАО в состав Армянской ССР, а азербайджанский Верховный Совет — о сохранении НКАО в составе Азербайджана с последующей ликвидацией автономии. 12 июля 1988 областной совет Нагорного Карабаха принял решение о выходе из состава Азербайджана. На заседании 18 июля 1988 Президиум Верховного Совета СССР пришёл к выводу о невозможности передачи НКАО Армении. Ни одна из сторон не готова была идти на уступки. К началу 1990 году незаконные вооруженные формирования с обеих сторон развернули настоящие боевые действия, счет убитых и раненых шел уже на десятки и сотни. В Азербайджане к власти откровенно рвался Народный фронт. И все это накладывалось на экономический кризис, недопоставки товаров и нехватку продуктов. Центр России, наконец, увидел оскал пещерного национализма и внутренне был уже готов распроститься с такими «соседями». Стрелять в советских солдат никому не разрешалось. Такое могли делать только враги.

Самому Ачалову пришлось координировать тогда ввод в Баку войск. В течение 16—19 января на подступах к Баку была создана крупная оперативная группировка общей численностью более 50 тыс. военнослужащих из состава частей Закавказского, Московского, Ленинградского, других военных округов, военно-морского флота, внутренних войск МВД. Бакинская бухта и подходы к ней были блокированы кораблями и катерами Краснознамённой Каспийской флотилии. В операции, получившей кодовое название «Удар», были задействованы 76-я воздушно-десантная дивизия, 56-я десантно-штурмовая бригада, 21-я отдельная десантно-штурмовая бригада, 106-я воздушно-десантная дивизия. Только вот конечной задачи они так и не выполнили. Их враг сидел внутри города, прятался в укромных местах и остался в руководстве. А такая задача больше предназначена для спецслужб. В итоге Баку перестал быть советским. Ну что ж, урок они выучили. В этот раз будут действовать предельно жестко и мочить главарей.