Пятого ноября 1903 года он представил графу Ламсдорфу второй проект соглашения, указав, что «необходимо теперь же ответственно остановиться на последствиях, которые могут произойти в случае отказа Японии принять наш проект».
Основываясь на энергичной деятельности Японии в Пекине и Сеуле, направленной против России при сочувствии и поддержке Англии и Америки, а также принимая в расчет непрекращающиеся приготовления Японии к усилению ее боевой готовности, Алексеев предположил, что непринятие Токио наших предложений может сопровождаться не только занятием Кореи, как предполагалось прежде. Нам следовало быть готовыми и к жесткому обращению японцев по маньчжурскому вопросу в согласии с Китаем. Ввиду возможности такого исхода переговоров он предлагал замедлить передачу нашего проекта, «дабы иметь время привести в исполнение некоторые начатые мероприятия, направленные к усилению нашего военного положения на Дальнем Востоке, что, в свою очередь, окажет влияние на японскую притязательность».
После некоторых изменений, внесенных в столице, проект был передан японскому правительству 20 ноября. Он, как и предвидел Алексеев, не удовлетворил Японию, которая, не выжидая уже результатов дальнейших переговоров, перешла от слов к делу.
24 декабря Алексеев телеграфировал в Санкт-Петербург о целом ряде мероприятий японцев, несомненно, свидетельствовавших об их намерениях занять Корею и установить над нею протекторат. Придавая этому значение серьезной опасности для нас в военном отношении, «не с целью вызвать вооруженное столкновение, а исключительно в видах необходимой самообороны», он предлагал принять ряд предохранительных мер по поддержанию равновесия в стратегическом положении сторон, нарушаемом оккупацией Кореи. Или: первое, объявить мобилизацию в войсках Дальнего Востока и Сибири, ввести военное положение в Маньчжурии для удержания страны в спокойствии, для обеспечения целости Китайско-Восточной ж.-д. и подготовки сосредоточения войск и занять войсками нижнее течение Ялу; или второе: довести до военного состава и начать перевозку в Иркутск двух армейских корпусов, предназначенных для усиления войск Дальнего Востока. Одновременно с тем принять меры по подготовке к мобилизации остальных подкреплений, объявив на военном положении Маньчжурию и обе наши приморские крепости — Порт-Артур и Владивосток.
В ответ, 30 декабря, через военного министра Куропаткина, Алексеев получил указания: с началом высадки армии японцев в Корее объявить Порт-Артур и Владивосток на военном положении; приготовиться к мобилизации и приготовить к выдвижению на корейскую границу отряды для прикрытия сосредоточения наших войск в южной Маньчжурии. Вместе с тем ему указывалось принять меры к тому, чтобы на корейской границе не произошло каких-либо столкновений, которые могли бы сделать войну неизбежной. В целях во что бы то ни стало избежать разрыва с Японией в Санкт-Петербурге решено было «насколько возможно продолжать обмен взглядов с токийским кабинетом», и посему через Алексеева отправлен был в Токио третий по счету наш проект соглашения с Японией.