Почти год много воюет: то есть периодически убивает людей, проводит ряд боевых операций, весь в делах, сфотографироваться в наградах некогда.

Весной 1917 года тяжело ранен. Несколько месяцев лечится в госпиталях Петербурга.

В ноябре 1917 (по другим данным – на полгода позже) вступает в РСДРП. Весной 1918 года демобилизован. Некоторое время работает слесарем на одном из петроградских заводов. (Всё умеет – хочешь бухгалтер, хочешь корректор, хочешь разведчик, хочешь слесарь.) Оттуда – внимание – переходит в отдел военного контроля при полевом штабе Реввоенсовета (РВС) республики.

Уже летом 1918-го по рекомендации зам. Председателя ЧК и члена Коллегии ВЧК Якова Петерса назначен секретарём управления особого отдела ВЧК и заведующим общим отделом этого управления.

В июне 1919 года ещё один стремительный рывок – двадцатидвухлетний молодой человек становится начальником оперативной группы поезда Председателя РВС, вождя Красной армии, второго, после Ленина, человека в стране – Льва Троцкого.

Поезд Троцкого с исключительной, лихорадочной скоростью перемещался по республике, нежданно появляясь то на Восточном, то на Южном, то на Западном фронтах, рассылая молниеносные приказы, совершая аресты, верша немедленный суд, расстреливая дезертиров и мародёров, агитируя, мобилизуя крестьян в Красную армию, выставляя заградотряды, атакуя, сбрасывая десантные группы, проводя допросы, захватывая в заложники военспецов и принуждая их работать на большевистскую власть, попадая под обстрелы, переживая крушения. Троцкий называл свой поезд “летучий аппарат управления”.

Эйхманис – в эпицентре всего этого; и постоянно на глазах Троцкого.

В сентябре 1920 года, с переносом военных действий Красной армии в Среднюю Азию, Эйхманис назначается в особый отдел Туркестанского фронта на должность начальника активной части, а затем – начальником Казалинского отделения ЧК.

В ноябре 1920 года он – председатель ЧК Семиреченской области. Разрабатывает успешный план по ликвидации казачьего отряда полковника Бойко.

В начале 1921 года мы видим двадцатичетырёхлетнего Эйхманиса уже на должности председателя ЧК всей Туркестанской республики (территория, соразмерная с любой крупной европейской страной).

Он выступает в качестве организатора убийства одного из опаснейших врагов советской власти атамана Александра Дутова. В ночь с 6 на 7 февраля 1921 года в Китае, в местечке Суйдун, в своем кабинете Дутов застрелен в упор. Многочисленная и вышколенная охрана его не спасла.

В том же году, в ночь с 8 на 9 июля, во время катастрофического алма-атинского селя гибнет первая жена Фёдора Эйхманиса.